La primera visita de un sumo pontífice a la Isla en 1998, reavivó el interés de instituciones, músicos y compositores entorno a la música sacra. Comenzó así una etapa dinámica de actividades musicales con carácter litúrgico y extralitúrgico que incluyeron esfuerzos como la creación de la Coral «Juan Pablo II» para ofrecer mayor impacto social con otro grado de repercusión social que el que podían alcanzar los coros de las parroquias e iglesias en la diócesis habanera.
A pesar de estas y otras importantes acciones aisladas, estaba pendiente que los músicos de iglesia y los profesionales vinculados a la actividad eclesial en general, contaran con los saberes necesarios para acometer el ejercicio de la música sacra dentro y fuera de la liturgia, con dignidad y dominio de cada uno de sus elementos.
Por otra parte, era necesaria la restitución de una regular programación cultural y espiritual de conciertos religiosos realizados dentro de los templos como escenarios naturales de la música sacra y vehículos de expresión de los dogmas de fe, hecho que en épocas pasadas había sido recurrente en las sedes hispanoamericanas.
Como respuesta a estas necesidades, se crea en 2013 la Cátedra de Música Sacra, con sede en el Centro Cultural Padre Félix Varela y dependencia académica del Instituto de Estudios Eclesiásticos Padre Félix Varela, ambos fundados ese mismo año y radicados en el magnífico edificio histórico del Real y Conciliar Colegio Seminario de San Carlos y San Ambrosio, erigido en 1768.
La iniciativa de la Cátedra respondía directamente a la Constitución Apostólica Sacrosantum Concilium sobre la Liturgia Sagrada del Concilio Ecuménico Vaticano II (1962-1965), orientado a la formación musical de los individuos encargados de la música sagrada dentro de los templos:
Artículo 115. Dése mucha importancia a la enseñanza y a la práctica musical en los seminarios, en los noviciados de religiosos de ambos sexos y en las casas de estudios, así como también en los demás institutos y escuelas católicas; para que se pueda impartir esta enseñanza, fórmense con esmero profesores encargados de la música sacra.
Se recomienda, además, que, según las circunstancias, se erijan institutos superiores de música sacra.
Dése también una genuina educación litúrgica a los compositores y cantores, en particular a los niños.
Gestionar la práctica musical sacra en la Arquidiócesis de La Habana. Implementar programas docentes especializados en música sacra. Servir a la liturgia en la Arquidiócesis habanera.
Desde su fundación la Cátedra se enfrasca en el desarrollo de eventos como la Semana de Música Sacra de La Habana (2014 en adelante), MUSICANOVA (2019 en adelante) y la Semana Internacional de Órganos de La Habana (2019 en adelante), donde convergen sugerentes propuestas de conciertos sacro-musicales con una programación académica del más alto nivel implementada mediante talleres y conferencias. Del mismo modo, participa activamente en las celebraciones litúrgicas y paralitúrgicas de la diócesis, y promueve la creación y sostenimiento de programas socioculturales en relación con la música sacra como la Escolanía de la Arquidiócesis de San Cristóbal de La Habana para la instrucción de niños y jóvenes.
Al amparo académico del Instituto de Estudios Eclesiásticos Padre Félix Varela y con la cooperación de docentes del Instituto Católico de Música Sacra y Pedagogía Musical de Ratisbona (Hochschule für katholische Kirchenmusik & Musikpädagogik Regensburg), la Cátedra organiza y gestiona varias ofertas formativas a lo largo de año académico como el Diplomado de Música Sacra (2017 en adelante) y el Seminario de introducción a la Música Sacra (2018 en adelante). El Diplomado es una sólida propuesta académica para la capacitación de músicos prácticos que participan frecuente o aisladamente en el ejercicio de la liturgia musical, mientras el Seminario responde a la visión pastoral de instruir a los músicos no profesionales de las diferentes sedes religiosas en la ciudad.